‘六根清净’这个名词，在一般不知佛法的人看来，是非常浮浅的，甚至非常好笑的，他们以为凡是出了家的僧尼，一定就是六根清净的人，如果稍微沾染了一点男女钱财的习气，一些专门喜欢扬恶隐善的新闻记者，便会在报纸上大做他们‘六根不净’的渲染文章！至于什么叫做六根，甚么又叫做六根清净？他们是不想知道的。
其实，六根清净四个字中，大有道理。
六根，是指生理学的全部范围。佛教看宇宙人生，既不是唯物论者，也不是唯心论者，更不是唯神论者，乃是主张因缘和合的缘生论者。所以，佛教看一个人的构成，是从心理、生理、物理的三方面来分析的。上面所说的六根是属于生理学，加上六尘的物理学及六识的心理学，便是一个人的总和，六根、六尘、六识的形成，称为十八界，十八界的三大类，构成鼎足之势，相互为用，缺了一类，其他的二类也就不能存在。因为六尘与六识要靠六根的媒介才有作用，六尘与六根要靠六识的判别才有价值，六根与六识要有六尘的反映才有功效。
如果要下一个比喻，那么，六根是镜子，六尘是被镜子所照的影像，六识是判别镜中所照影像的人。
甚么是六根六尘和六识呢？说起来，很简单，那就是：眼、耳、鼻、舌、身、意，从心理与物理的媒介功能上说，称为六根，也就是生理学上的神经官能。眼有视神经，耳有听神经，鼻有嗅神经，舌有味神经，身有感触神经，意有脑神经，这些都是心与物的媒介的根本，所以称为六根。
从六根所接触的物件上说，称为六尘，也就是物理学上的各类物质。眼根所见的颜色和形色，耳根所听的声音，鼻根所嗅的香臭，舌根所尝的味道，身根所触的粗细冷热与湿滑等，意根思想的称为‘法’──漪指的极微极远的无从捉摸的东西，这些就被称为六尘。
从六根接触六尘而产生的判别力与记忆力上说，称为六识。如果没有六识而仅有六根与六尘，那就不是活人而是死尸，所以，六识是六根的操纵者，六根是六识用来接触六尘的工具。
那么，为什么要称为六根清净呢？
因为六根是六识的工具，作善作恶，固然是出于六识的主张，造成善恶行为的事实，却是在于六根的作用。人之流转于生死轮回的苦海之中，就是由于六根不曾清净，自从无始以来的一切罪业，均由六根所造，比如眼根贪色、耳根贪声、鼻根贪香、舌根贪味、身根贪细滑、意根贪乐境；有贪，也必有镇，贪与镇，是由无明──烦恼而来，合起来，就是‘贪、镇、痴’的三毒交加，恶多善少，永无出离生死苦海的日子了。
修持解脱道的工夫，不外戒、定、慧的三学，但是，慧的主要根源是戒与定，所以修持的入门工夫，应从身心的两方面著手，一是修身，一是修心。把不好的念头修理掉，称为修心，修心的主要工夫是禅定；把不好的行为修理掉，称为修身，所以修身也可称为修行，修身的主要工夫是持戒，持戒的目的是在守护根门──守卫保护住六根的大门，不让坏事从六个根门之中溜进我们的心田，以致种下生死流转的祸苗。
因为，一个凡夫，除了进入禅定的境界而外，就不能没有妄想，妄想是促成六根造业的导火线，佛教的戒律，就是妄想与六根之间的保险丝或灭火器，在戒律的防卫之下，六根才能渐渐地清净，一旦到了六根清净的程度，超凡入圣的境界，也就快要接近了。
所以，一般的凡夫僧尼，只能在戒律的保护下，勉强守住了六根，至于清净二字，那是谈不上的。一般人的观念，总以为僧尼们只要不犯淫行，不贪非分之财，不介入人我是非，便算是六根清净了，事实上，凡是贪逐于物境的受用，总是六根不净，不论是看的、听的、嗅的、吃的、穿的、玩的、用的，只要有了贪取不舍的情形，就是六根不净。因为除了男女及钱财等的问题，都不容易觉察出来，净与不净，也就很少有人细心地注意它了。
根据中国天台宗的判断，六根清净位，便是五十二个菩萨阶位最初十阶的十信位，要断见思二惑──相当唯识宗的分别烦恼与分别所知的二障，这应该是从普通（外）凡夫进入贤位（内）凡夫的阶段。
又据法华经及涅槃经中说，能得六根清净，便可六根互用，所谓六根互用，那是说，六根之中的任何一根。均可兼备其他五根的功能，眼能见色，也能闻声、嗅香、尝味等，耳能闻声，也能见色、嗅香、尝味等，鼻根、舌根、身根、意根，也是一样。
六根清净了，就能六根互用，这在一般的读者看来，难免会说这是神乎其神的神话。事实上，我们之所以不能六根互用，正因为自己把六根的官能限制住了，也就是说，我们利用六根而执取六尘，六尘充塞了六根，障碍了六眼，六根便成了六尘的奴才，也习惯地成了六尘的应声虫，色尘来了，眼根应付，声尘来了，耳根应付，香尘l来了，鼻根应付，舌、身、意根，也是一样。
如果不是这样，如果六根不执六尘，六根不受六尘的支配与诱惑，那么，六根就从六尘之中得到了解脱，解脱了的六根，便是自由的六根，自由的六根，自然可以彼此互用而不分界限了。这个自由的六根，也就是清净的六根，因为自由的六根虽然仍与六尘打交道，但已不受六尘的引诱而造生死的染污之业，所以称为六根清净。
说得明白一些，所谓六根清净，不是没有了六根，而是我们的生理官能，不再随著外境的幻象而转，这就叫做一尘不染──但这绝不是等闲的工夫所能办到的事。
为了便于读者的记忆，再将六识、六根、六尘的名目，抄录如下：
一、眼、耳、鼻、舌、身、意──六识。
二、眼、耳、鼻、舌、身、意──六根。
三、色、声、香、味、触、法──六尘。
六识发动六根而接触六尘，六尘映入六根而由六识判别及记忆保存，再从六识的记忆保存中显现出来，发动六根贪取六尘，就这样交互回还而造成生生死死之流，六根清净的目的，便在断绝并超越这一生生死死的生命之流。
‘四大皆空’，空去那四个大呢？
不懂佛法的人，他会脱口而出地告诉你：‘空了酒、色、财、气，就是四大皆空嘛！’
其实，这与佛教所说的四大皆空，根本是牛头不对马嘴。因为佛教所讲的四大，是指‘地、水、火、风’的四大物质因素。
四大的观念，也不是佛教发明的，这是人类对于宇宙本体的初期探索而得的结果，在东西方的哲学思想史上，几乎有著同样的趋势。比如中国书经所记的‘水、火、金、木、土’五行；印度古吠陀本集所说的世界形成，是基于‘地、水、风、火、空’的五种自然因素；希腊古哲学家恩比多克里斯（Empedocles），也曾提出‘气、水、土、火’为宇宙间不变的四大元素。
总之，不论五行也好，五大也好，四大也好，都是指的物理界的基本元素，如果仅限于此而胶著于此，那么，发展的结果，便是唯物论者，所以，这些思想，也是唯物论的先驱。
佛教讲四大皆空，是沿用著印度固有的思想而再加以深刻化及佛教化的，因为地、水、火、风的四大元素，是宇宙物理的，比如山岳土地属于地大，海洋河川属于水大，阳光炎热属于火大，空间气流属于风大。如把它们化为人体生理的，比如毛发骨肉属于地大，血液分泌属于水大，体温属于火大，呼吸属于风大；若从四大的物性上说，坚硬属于地大，湿润属于水大，温暖属于火大，流动属于风大。但是，不论如何地分析四大，四大终属于物质界而无法概括精神界的。所以唯物论者以四大为宇宙的根源，佛教则绝不同意这样的说法。
佛教所讲的四大，也有小乘与大乘的不同。从大体上说，小乘佛教所说的四大，是指造成物质现象的基本因缘，称为四大种，意思是说，地、水、火、风，是形成一切物质现象的种子，一切的物象，都是由于四大的调和分配完成；四大和谐，便会欣欣向荣，四大矛盾，便会归于毁灭，物理现象是如此，生理现象也是如此，所以佛教徒把病人生病，称为‘四大违和’。小乘佛教观察四大种的目的，是在使人看空我们这个由四大假合而成的色身，不以色身为实在的我，不因执取色身为我而造种种生死之业，一旦把我看空，便会进入小乘的涅槃境界，不再轮回生死了。
大乘佛教所说的四大，不是指的根本元素，而是指的物态的现象，是假非实，是幻非实，对于物象的形成而言，仅是增上缘而非根本法，虽也承认四大为物象的种子，但不以为四大是物象的真实面貌；小乘佛教因为只空我而不空法，所以虽把物象看空，仍以为四大的极微质──‘法’是实有的。不过，小乘佛教不是唯物论，而是多元论，因为佛教的空不仅空去四大，乃要空去五蕴；四大，只是五蕴中的一蕴而已。
甚么又叫做五蕴呢？那就是：色、受、想、行、识，前一属于物质界，后四属于精神界，四大，便是色蕴。
关于五蕴的内容，已非本文所能介绍，因为五蕴是个很大的题目，我们只能在此说一句：五蕴是三界之内的生死法，空去五蕴，才能超出三界的生死之外。同时，我们由于五蕴的提出，证明佛教不是只讲四大皆空，而是要进一步讲五蕴皆空的。尤其重要的，佛教的重心，并不以四大为主，而是以识蕴为主，至于受、想、行的三蕴，也是识蕴的陪衬，乃是用来显示精神界的功用之广而且大的。所以，佛教不仅不是唯物论者，倒是唯识论者。
参考资料：圣严法师著述